清朝末年，西学东渐，当时学术界人士认为改革教育为救国之本，而新型出版业借此得以萌芽。蔡元培论及于此时曾经说道:
我国印刷工业，始于五代，历宋元明以迄于清，积渐发展。顾其所注意者，率在四部巨帙，供成学治国闻者之涉览，间或稗版，以饷举子，至于村塾课本，大多数儿童之所诵习，则大抵粗率不求精也。清之季世，师欧美各国及日本之制，废科举，立学校，始有教科书之名，为教习者，以授课之暇编纂之，限于日力，不能邃密。书肆诎于资而亟于利，以廉值购稿而印之，慰情胜无而已。近二十年，始有资本较富之书肆，特设印刷所，延热心教育之士，专任其事，于是印刷工业，始影响于普通之教育……
戊戌变法失败后，蔡元培觉得改革政治，清廷已无可与谋，遂断然请长假南下从事教育，与政变后革职离京的张元济共事于南洋公学。清末废科举兴学校后，各地纷纷创办公私学校，但缺乏合适的课本，成为教学活动中的障碍。1901年，张元济决定用出版辅助现代教育之普及，因而投资于商务印书馆，次年初进商务印书馆主持编译工作。他策划的出版项目之一就是编辑中小学教科书。因此，蔡元培先生制订了国文、历史、地理三种教科书的编辑体例和要求。这套课本中的修身教材、初小十册和中学五册由张元济编写，高小四册由高梦旦编写。这套最新教科书融中西文化知识于一体，编纂者字斟句酌，苦心编修，开创了我国学校用书的新纪元。蔡元培认为新式教科书的编撰“其创始者实为商务印书馆”。
在初等教育有所发展的基础上发展高等教育应是题中应有之义，但在20世纪30年代，我国大学教育却发展迟缓，其主要原因之一，就是缺乏本国编写的大学教材。因此，30年代初，蔡元培号召开展“国化教科书”运动，大力提倡大学里使用中国学者自己编写的课本。为此，蔡元培于1931年4月在《申报》上发表《国化教科书问题》一文，指出:
现在我国学校，自高中以上，率多采用外国文本子，尤其是自然科学，如数理化动植矿等科，多用原文教学。这固然是我们文化落伍的国家，想得到现代的知识所用的苦法子。但吾人终须认为这是不得已的过渡方法。倘若将这种不良状况长时间的展延下去，则吾国学子所受的损失，将不可言喻，实为一件可恼痛的事。
嗣后，蔡元培在文章中将利用外国文教本的不利之处归纳为“糜费时间与脑力”“与国情不适合”“足为普及教育的障碍”三点，并认为:“‘国化教科书’的责任，当然不是少数人或少数文化机关所能够担负的，凡努力文化事业的，如教育家、著作家和出版家均应分担一些责任。”并号召:“尚望国内教育家和出版界，一致向着这个目标进行，则中国青年幸甚，中国文化幸甚！”
在蔡元培的大力倡导下，1932年，商务印书馆决定编辑出版一套《大学丛书》，以供国内大学教学使用。商务印书馆请蔡元培担纲，邀集国内各大学及学术机关代表共56人组成《大学丛书》编辑委员会，制订出版计划，分请专家编辑各院各系用书，而且每部书稿都必须经编委会有关专家审定，从而保证了出版的教材具有较高的学术水准。蔡元培则经常询问《大学丛书》的编辑进展情况，还同其他成员一样参加书稿审读的具体工作。据有关资料记载，兰弗得等著的《心理学》一书，蔡元培是逐字审读后才确定列入选题计划的。这套丛书先后出版了300余种，各学科的用书均粗具规模。在此前后，言行出版社、南京正中书局、中华书局、贵阳交通书局、大厦大学等单位都出过一些大学用书，虽然其规模均不及商务印书馆的《大学丛书》，但亦为促进我国大学教育和学术的独立作出了各自的贡献。
教育为立国之本。身为教育家的蔡元培除注重正规教育与各级各类学校正式教科书的编撰工作外，还对社会大众的知识普及教育给予重视和关心。1918年，蔡元培邀约胡适、沈尹默、刘复等人发起编印《常识丛书》，并亲自手拟《常识丛书》编辑会简章八条，规定该会所编丛书，分为普通、特别两类。普通类以普罗大众所必需知识为范围，其内容为语典，国语文选，古书今译，中外地理、历史，中外风俗记，欧战纪事及其他各种科学；特别类以国外侨工特别需要知识为范围，其内容为侨工常识，侨工卫生，侨工历史，侨工组织，侨工小说，工会组织，工人经济等，并决定会外人员所编之稿，编辑会收受的同时，有订正之责。编成各册，由商务印书馆任印。其版权或售或赁，由编辑者临时定之。该套丛书为提高社会一般公众的文化水准，促进我国新图书出版业的发展，起到了一定的推动作用。
新文化运动后，随着白话文的兴起和新式标点符号的推行，文言文的出版物时过境迁，用白话文写作的图书逐渐在出版界取得主导地位。然而，在20世纪30年代的中国学术界，文字的因循守旧与开拓创新并不是一个已然解决了的问题，它在一定的程度上表征着新旧两种学术思潮的激烈交锋，并且与教育的普及、文化的延续、学术的发展、出版物的形式与内容有着十分密切的关系。有鉴于此，1937年蔡元培以其在教育界的特殊身份和地位，联合中国文化界知名人士共688人发布“我们对于推行新文字的意见”，指出:
简单地说，中国大众所需要的新文字，是拼音的新文字，是没有四声符号麻烦的新文字，是解脱一切方言独裁的新文字，这种新文字，现在已经出现了。
以下是我们所要建议的具体方法:
(一)每一个方言的新文字方案成立后，我们首先要根据这方案编辑最廉价的课本指导书。
(二)课本编成后，即着手运用各级学校、民众学校、识字学校、夜课学校、补习学校、讲习会，培养新文字的教师，凡学会新文字的人都有教人的义务。
(三)为着要使学过新文字的人继续学习起见，我们要出:高级课本、报纸、小说、诗歌、各科小丛书、新文字连环画、新文字的辞典、北方话与其他方言对照读物。
(四)根据新文字方案创制文字速写并创制新文字打字机。
(五)对于用汉字编印的书报，我们主张:一、文字大众化；二、横排；三、采用新文字报头；四、新文字汉字对照的读物另辟一栏。
……蔡元培等人提出的以上建议虽然在某些技术层面上观点有失偏颇，但总体上对普及大众教育、促进中国新图书出版业的健康发展是有所裨益的。可惜的是当时中国时局不靖，1937年抗日战争全面爆发后，由于日本帝国主义的侵略，出版界遭受重创，出版业严重萎缩，失去了生存、发展的社会空间。覆巢之下无完卵，在中华民族面临空前危机的状况下，蔡元培等人的良好愿望也就只能“束之高阁”了。
在出版界，作者请名人为书撰写序跋，对提高图书品位、扩大图书影响力具有独特的作用。蔡元培为许多图书写过序和跋。据笔者粗略统计，收入《蔡元培全集》(1～7卷)中的序、跋约有150篇，主题涉及文、哲、理、农、医等学科领域。当然，由于人情等原因，其中不乏应景之作。但蔡元培对自己看重的图书，则在撰写序、跋的过程中倾其心力，字里行间表露出深邃的学识与真知灼见。例如，在1934～1935年期间，上海良友图书公司赵家璧等人策划编辑了《中国新文学大系:1917～1927丛书》，内容涉及小说、诗歌、散文、文艺理论等方面，意欲请蔡元培先生撰写一篇《总序》。当赵家璧将这套丛书的编辑意图、计划、内容、筹备经过和已聘定的编选者名单告诉蔡元培后，他极为高兴，认为这是一项具有历史意义的工作，欣然同意作序。蔡元培在《总序》一文中认为，欧洲近代文化，都从文艺复兴时代开始。中国到了近代，“非有一种复兴运动，不能振发起衰，五四的新文学运动，就是复兴的开始”。欧洲文艺复兴时期以人文主义为标榜，由神的世界而进到人的世界，五四时期“反对文言提倡白话运动，可以说是弃鬼话而取人话了”。蔡元培着重指出:中国的复兴，自五四运动以来不过十五年，新文学运动体现的科学精神、民主思想及表现个性的艺术，均尚在进行中。“但是吾国历史，现代环境，督促吾人，不得不有奔轶绝尘的猛进”，“对于第一个十年作一总审查，使吾人有以鉴既往而策将来”。他提出至少应以十年的工作抵欧洲各国的百年，用二三十年时间走完人家二三百年的历程；期望中国能像欧洲文艺复兴时期那样，群星灿烂，人才辈出，在第二个第三个十年里，产生出自己的拉斐尔和莎士比亚等人类文化巨匠。
有鉴于此，为便于中西文学比较，在《中国新文学大系》出版后，蔡元培对赵家璧建议道:“假如这部书销路不坏，你很可以继续地编第二个十年，但是我个人觉得比这更重要的是翻译作品的结集。五四时代假如没有西洋的优秀作品介绍到中国来，新文学的创作家就不会获得目前所有的成绩。当时所从事翻译工作的人，他们所留下的种子，是一样值得后人珍藏的。所困难的是这些作品散佚的情形，比这部书更难着手去整理而已。”受此番话的启发，良友图书公司遂有编辑《世界短篇小说大系》的计划，后终因抗战关系而中辍。由此可以看出蔡元培敏锐的学术洞察力和高屋建瓴的出版理念。
蔡元培自20岁时到“古越藏书楼”主人、同乡徐树兰家帮助校阅《周易小义》《群书检补》《重论文斋笔录》等书，到主编《俄事警闻》杂志，执掌北京大学期间，出版了传达学校规章、法令、集会通知的公报性质的《北京大学日刊》，以及根据思想自由、兼容并包原则，出版了研究阐发中西学术的学术性刊物《北京大学月刊》，在三次留学过程中为商务印书馆编书以筹措留学经费，最终病逝于香港。他的出版理念与实践是与时俱进的，值得学习、继承和发扬。可以说蔡元培的一生与中国出版界结下了不解之缘，而中国新图书出版业亦借重蔡元培抹上了一层亮丽的色彩。
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